- Faz um backup da tua partição EFI
- Cria uma instalação USB do El Capitan usando o terminal
- Instala o Clover Bootloader no pendrive que você acabou de criar
- Joga o backup da tua EFI pra dentro da EFI do pendrive que você acabou de criar
Seria interessante você atualizar as kexts que você usa (procura elas no GitHub) na sua pasta EFI.
Depois que instalar o sistema, só instala o Clover e passa a tua EFI pra partição EFI da máquina.
Testa isso tudo antes em um HD ou SSD que não seja o seu principal. Se der zica você pode ir testando até funcionar, deixar estável e fazer a atualização de vez no teu disco principal. Não houveram muitas alterações do Yosemite para o El Capitan, acho que vai ser de boa.