Olá meu amigo. Sei de sua dificuldade, pois enfrento o mesmo problema e gastei muito baixando inúmeros programas que me atendiam quanto aos destaques que precisava em meus PDF´s, porém quando tentava sincronizar com meus outros dispositivos, não conseguia ainda que sincronizasse eu perdia parte de minhas anotações.
Mas para que você fique mais tranqüilo, eu deixo-lhe uma dica que até o momento foi a melhor que encontrei.
Baixe o seu PDF no iCloud e você conseguirá trabalhar bem com ele, além de sincronizar e você não perde suas anotações.
Espero poder ter lhe ajudado.
Esqueci ainda de dizer-lhe que eu uso no Mac, no Macbook, no iPad, no iPhone e sincroniza todas as minhas anotações.
Assim quando tiveres lido o seu PDF e executado suas anotações, passe para o OneDriver para pesquisa.