também tenho o mesmo problema, com meus fones do iPod Shuffle, no meu macbook e no iMac 24" de um amigo. Acontece exatamente a mesma coisa, sempre d lado direito.
Se coloco músicas que exigem graves mais acentuados, ocorre isto. o som sai com falhas ou mesmo com leves distorções.
Conectei o MacBook num home theater e ainda assim acontece, e sempre do lado direito. Como exemplo basta colocar a música da Maria Rita chamada Caminho das águas. que vai ser bem fácil de perceber isso , caso o seu equipamento tenha o mesmo problema.
Se alguém ai tiver alguma idéia do que se trata....
abraços