Mesmo problema aqui.
Lembro que quando comecei a utilizar o MobileMe, cerca de 2 anos, funcionava tudo perfeitamente, quando eu lia o e-mail no MBP, automaticamente era marcado como lido no iPhone, e a indicação "1" sumia.
Hoje não é mais assim como funciona, tenho que abrir o mail do iPhone pra que a indicação de novo email suma.
Cheguei a entrar em contato com a Apple, e fiz a reclamação. A resposta que obtive: O MobileMe está funcionando como previsto, não há problemas.
Fiquei sem entender nada...