Ontem também percebi isso quando terminou a bateria do meu iPod e passei a ouvir música no iPhone.
Claro, antes no iOS 4.X.X a diferença já era notável, pois o iPod é destinado somente à música e como todos sabem, é superior na reprodução e qualidade de áudio se comparado com o iPhone. Porém, também senti uma mudança na qualidade do som no iOS 5.0. Talvez seja apenas impressão, não sei, não entendo praticamente nada disso, técnicamente falando, mas também senti essa "diferença".