Eu rodo todos os meus vídeos (inclusive MKV) utilizando o Air Video (http://www.inmethod.com/air-video/).
É MUITO fácil, não precisa ficar convertendo nada, não tem engasgos e só que precisa ter um MAC OS pra servir os arquivos e um iPhone ou iPad pra dar o play.
Funciona basicamente assim:
1 - Utilizando o app Air Video Server, você starta o servidor no teu mac, apontando pros diretórios onde estão seus filmes, séries etc...
2 - Utilizando o app Air Video no iPhone ou iPad, você acessa teus vídeos do Mac e dá o play no que desejar, mandando pra Apple TV pelo Air Play.
3 - Divirta-se.