Tive muitos problemas com formatos de arquivos por ser obrigado a usar Windows também.
Já testei todas as opções para drives externos, desde formatar tudo em NTFS, exFat, etc... Em todos os casos tive perda de dados.
A única solução definitiva foi quando formatei tudo em HFS (formato nativo do Mac) e instalei nos windows o Paragon HFS.
Detalhe: Existe uma versão grátis deste programa para uso pessoal, segue o link: http://www.winsite.com/Utilities/File-Management/HFS-for-Windows-8-8-1-Free-Edition/
Basta se cadastrar lá que eles enviam por email uma Licença.
Desde que comecei a usar todos meus drives externos em HFS, nunca mais tive problemas, visto que até mesmo com o Tuxera em NTFS eu tinha problemas com drives que não haviam sido desmontados corretamente e etc.
Apenas para dar meu depoimento... exFat é um formato maravilhoso na teoria, mas perdi TODOS os dados de 2 drives por problemas na leitura desde formato.