De forma geral, de acordo com vários Benchmarks espalhados pela net, o Parallels é mais rápido do que o VMware. Dependendo dos aplicativos que você utiliza pode haver um equilíbrio em termos de performance entre os dois. Para os programas de arquitetura que utilizo o VMware roda mais liso, por isso optei por ele. Mas o melhor mesmo é você baixar um demo de cada e testar, tirando suas próprias conclusões.
Abraço