Então, depois de quebrar a cabeça aqui eu consegui. Vou falar como fiz pra caso alguém mais esteja com o mesmo problema. x)
Vamos passo a passo.
1 - Habilite a web interface no Transmission em Preferences>Remote>Enable Remote Acess
2 - Crie uma conta no DynDNS (http://dyndns.com/) pra facilitar as coisas.
3 - No DynDNS vá em My Services e adicione o seu computador como um Hostname, dando o nome que preferir.
/*Nesse ponto a sua webinterface já está funcionando na rede interna, mas o que acontece é que seu roteador não deixa que alguém da internet (você com seu iPhone) acessem os recursos internos na rede.*/
4 - Agora abra a página inicial de configurações do seu roteador (http://192.168.0.1/ por padrão no caso de ser um D-Link) e digite seu nome de usuário e senha.
5 - Clique na aba lateral esquerda DHCP.
6 - Em Static DHCP marcar a caixa Enabled e em seguida selecionar a opção que tem o nome do seu computador (aquele que tem o Transmission instalado) e depois Clone. Clique em Apply
/*Agora o seu computador tem um ip fixo para a rede interna, independente do roteador estar habilitado para funcionar como um servidor DHCP. Isso é importante porque quando vc for acessar seu computador pelo iPhone o roteador precisa direcionar a conecção que vem do iPhone para o computador certo na rede e agora vai ser sempre o seu, com aquele ip. ;D*/
7 - Clique na aba superior Advanced e após na aba lateral esquerda Virtual Server.
8 - Marque a caixa Enabled e determine o nome que vc bem entender para o seu servidor virtual.
9 - Na caixa Private IP digite o ip fixado por você para o seu computador no passo 6 e deixe o protocolo como TCP.
10 - Nas lacunas Private Port e Public Port ponha a porta que o Transmission abriu no passo 1(que por padrão é 9091)
11 - Deixe a schedule desmarcada e clique em Apply.
Se tiver tudo dentro dos conformes, esse virtual server deixa que alguém (vc) acesse da internet o recurso que estiver disponivel pelo ip xxx.xxx.xx.xx(aquele que vc fixou pra sua máquina) na porta 9091. Logo, o web Transmission.
Para acessar do iPhone digite http://nomedoseucomputador.homeftp.net:9091/transmission/web , onde "nomedoseucomputador.homeftp.net" é o endereço de nome que vc atribuiu ao seu computador pelo DynDNS no passo 3.
Espero ter ajudado. o/