FAT32 realmente não permite gravar arquivos com mais de 2 Gb. Mas você pode usar NTFS mesmo, baixe o MacFuse e o NTFS-3G para usar no Mac e no Windows XP ou posterior irá funcionar normalmente...
http://code.google.com/p/macfuse/
http://macntfs-3g.blogspot.com/
Ou então use o HFSExplorer que é gratuito e roda no windows, mas funciona apenas como leitura.
http://hem.bredband.net/catacombae/hfsx.html