Akira, eu não posso te garantir, mas o pessoal da DevTeam diz que faz Jailbreak 3.1.2 via redsn0w ( http://wikee.iphwn.org/howto:rs9 - http://blog.iphone-dev.org/page/2).
Se for assim, eu acho que o ideal é fazer restauração do sistema original e usar redsn0w para jailbreak e ultrasn0w para desbloqueio.
Sem falar que a restauração para o sistema original pode também lhe trazer a capacidade de usar o blackra1n novamente.
Uma grande vantagem do uso do redsn0w é que fica mais fácil fazer updates do sistema via pwnagetool.
Mas (sempre tem um diabo de mas) eu não sou especialista nesse assunto, então não posso garantir o que estou escrevendo.
Quanto a dar pau por causa do blackra1n, não é problema. Uma vez restaurado o sistema original (3.1.2 no seu caso) o iPhone fica como se tivesse comprado novo. Original. O que não pode é fazer o upgrade para não mudar a sua Baseband.
Acho que é isso.
Os especialistas que me corrijam...
QQer coisa aqui http://forumdoiphone.com.br/ é um bom lugar também para ter respostas às suas perguntas.
Sorte