Vou deixar a solução que encontrei caso alguem no futuro tenha interesse em fazer a troca de um HD no Mac com Fusion Drive.
1. Clone o seu HD (Fusion Drive) em um HD externo utilizando o Carbon Copy Cloner, fazendo uma cópia bootável.
2. Precisa agora reiniciar o Mac em modo de recuperação, comand+R
3. No modo de recuperação, acesse o terminal e separe os drives que compõe o Fusion Drive, instruções aqui: http://www.macworld.com/article/2015664/storage-flash/how-to-split-up-a-fusion-drive.html
4. Após separar os HDs que compunham o Fusion D., ambos os HDs estarão formatados, encerre o terminal e acesse o utilitário de disco.
5. No utilitário de disco, constará na aba lateral a identificação individual dos 2 HDs, selecione o HD que irá continuar no computador e clique em restaurar e escolha para restaurar o sistema do HD externo que foi feito o backup pelo CCC.
6. O sistema será restaurado dentro do HD que irá continuar no Mac, após o termino da restauração, encerre o utilitário de disco, e selecione como disco de inicialização, o HD no Mac que acabou de ser restaurado.
7. Agora o computador está pronto para que o HD seja trocado, pois o HD que será trocado, está vazio.
8. Fazer a abertura do mac e o procedimento para a troca do HD, remontar e ligar
9. Ao reiniciar, aparecerá o aviso que o HD que acabou de ser colocado não pode ser lido, abrir o utilitário de disco e formatar o HD.
10. Após formatar, o HD novo será reconhecido, agora fica a critério da pessoa se ela deseja criar um Fusion Drive novamente ou se ela deseja deixar o Mac com 2 HDs.