Aconteceu algo parecido aqui.
Fiz o seguinte: Criei um novo backup (.sparcebundle) com outro nome (ex: BKP2). Após ter realizado todo o backup, desativei o time machine e renomeei o arquivo de backup recém criado (BKP2) para outro nome qualquer. Em seguida renomeei o arquivo anterior (aquele que o time machine não reconhecia mais) para BKP2.
Forçando ou "enganando" assim o time machine a reconhecer o backup antigo.
Mas que fique claro que também sou a favor de uma instalação limpa do sistema e dos demais programas.