Pode ser o HD ou o sistema. O Mac OS 10.6 avançou em autoreparo de HD. Caso ele esteja demorando muito a ligar, é por que ele deve estar se auto reparando. Dica:
1 - faça um back-up de tudo que é importante
2 - reinicie o iMac por um outro HD e faça dignóstico melhor de memória e HD (para o HD - diskwarrior - para memória - memtest).
A partir daí tome as providências necessárias.
Existem 2 tipos de problema com HD: lógico e físico - lógico- como é uma mídia magnética, as informações podem estar corrompidas, e estas informações podem ser seus dados, como músicas, fotos, etc, programas, como ilife, o próprio sistema operacional, ou o próprio diretório do HD. Se for lógico, o melhor a fazer é reformatar o HD e reinstalar tudo.
Se for físico será necessário trocar o HD.
Se for a memória com problemas intermitentes, ela pode estar atrapalhando o fluxo de dados entre hd e cpu e causando um mal funcionamento do sistema, causando problemas lógicos no HD, por isso também é aconselhável checar a memória.