Engraçado, mais nunca ouvi falar nisso, eu comprei meu Apple Watch em Maio e dês de então restaurei meu antigo iPhone 6 inúmeras vezes é até troquei de iPhone, e sempre voltei com o Backup do Watch pareando novamente sem problema algum.
Hoje estou de 6 Plus funcionando perfeitamente com o Watch, até versão beta eu tive nos meus iPhones e ao restaurar, o Watch sempre pareou sem problemas.