Acho que você não precisa ter medo, os usuários que vejo que mais reclamam são usuários antigos do Mac (a não ser que vc se encaixe no perfil de usuário conservador, o que eu acho bastante curioso em pessoas que gostam de produtos Apple lol), eu peguei o Yosemite pra cá e digo que o El Capitan é infinitamente melhor, tanto no design/interface/experiência de usuário como no desempenho!
Eu não sei se os problemas citados ja foram corrigidos por alguma atualização posterior mas eu nunca tive nada do que descreveram aqui no meu MacBook Pro, funciona incrivelmente bem e eu considero o OS X 10.11 a melhor versão até o momento, acho que se não fossem os preços dos produtos Apple no Brasil, os laptops teriam uma chance imensa de se popularizar, porque o sistema está realmente mais amigável, em todos os aspectos. (sem falar que você não precisa pagar aquela fortuna para uma suíte de aplicativos básica como acontece com o Microsoft Office, o iWorks é de graça), anyway, acho que vale muito a pena atualizar, é uma pena que as fabricantes de periféricos como WACOM se aproveitem das atualizações para forçar o consumidor a comprar novos produtos, uma vez que a retrocompatibilidade do Mac não funciona como no Windows :/