Também aconteceu com o meu...
Pelo q sei é um problema da tela retina, tem uma matéria do gizmodo falando q a Apple tinha até admitido q era uma falha:
http://m.gizmodo.uol.com.br/mancha-no-macbook-pro-retina-2/
Entrei em contato com o suporte da Apple via telefone essa semana mas não sei se a atendente entendeu o caso e disse q não havia oq fazer a não ser levar numa autorizada. Liguei em uma e o kra me disse q se for o problema q ele conhece, é efetuada a troca sem custos... vou tentar levar meu MacBook essa semana pra ver o que acontece...
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