Sim, é possível e é simples até. Mas não faça isso. Possivelmente o HD menos é SSD (estado sólido) e muito mais rapido que o de 1Tb. Por esse motivo o sistema foi instalado nele, pra "rodar" mais rápido, inicializar mais rapido, abrir programas mais rapido....
Vc pode inclusive fazer um Fusion Drive, "enxergando" os dois discos como um só e o sistema define o que vc mais usa e deixa do SSD. Eu particularmente já nao recomendo fundir, mais pela questão do backup mesmo.
Resumindo. Deixa como está que ta certinho aí.
Ele recupera de um arquivo que fica escondido no HD. Quando instalar uma versão mais nova, a nova versão substitui o antigo e vc recuperará do HD tb. Caso perca TUDO (troque de HD, por ex), qd ligar a máquina ele vai te encaminhar para logar na App Store e baixar a ultima versão instalada no seu computador.
Aos dois, sejam bem vindos. É tudo muito simples (ou quase)
Você tem que baixar ele na AppStore e fazer um pendrive de instalação.
http://mashable.com/2015/10/01/clean-install-os-x-el-capitan/#cGbDxoN1DEqx
Não faça isso. Deixe o SISTEMA no HD menor e salve todos os seus arquivos pessoais (fotos, música, videos, documentos, downloads, etc) no HD maior. Dessa forma, quando vc precisar formatar o computador vc formatará apenas o HD menor, mantendo os seus arquivos pessoais salvos no outro HD.
