A recuperação é uma partição como qualquer outra, separada da "Macintosh HD", então, se você formatar o Apple SSD, ambas as partições serão perdidas, porque você estará apagando o disco inteiro. Então seria melhor só formatar o "Macintosh HD" pra não perder a recuperação, apesar de que eu nunca consegui apagar o disco pelo COMMAND+R (no iMac 2011), somente por mídia externa, acho que a recuperação não pode se apagar.